Cosa succede se gli atomi si urtano?

Dipende dagli urti e dalla loro forza, nonchè dalle condizioni al contorno.
Nella vita di tutti i giorni gli urti fra gli atomi avvengono nell'aria e in tutti corpi gassosi, anche nei liquidi le molecole e gli atomi si urtano e scivolano fra loro continuamente senza trasformazioni significative nella loro forma e struttura.
In ambienti particolari le cose cambiano.
Nel nucleo delle stelle la pressione e la temperatura sono così elevate (10 000 000 °C) da permettere la fusione dei nuclei atomici

da due atomi di idrogeno (H) si forma un atomo di elio (He) con liberazione di energia secondo la formula di Einstein: E = mc2
La fusione nucleare è la reazione che avviene nelle stelle e le mantiene in vita.

Un altro tipo di scontro fra gli atomi avviene negli acceleratori di particelle come il CERN di Ginevra e il LNGS del Gran Sasso.
Gli acceleratori di particelle, sfruttando dei magneti di dimensioni enormi, accelerano gli atomi a velocità elevatissime, li fanno scontrare, nell'urto gli atomi si disintegrano e le particelle risultanti vengono analizzate. In questo modo sono state scoperte le particelle subatomiche come i quark e i gluoni.

Per approfondire:
la fusione nucleare